2005-2015 წლებში ნათია წკეპლაძე იყო საქართველოს უზენაესი სასამართლოს ადმინისტრაციულ საქმეთა პალატის მოსამართლე. 2005-2006 წლებში – საქართველოს უზენაესი სასამართლოს სადისციპლინო კოლეგიის თავმჯდომარე, ხოლო 1999-2005 წლებში – თბილისის საოლქო სასამართლოს მოსამართლე და ამავე სასამართლოს ადმინისტრაციული სამართლისა და საგადასახადო საქმეთა სააპელაციო პალატის თავმჯდომარე. სხვადასხვა დროს იყო გაეროს განვითარების პროგრამის (UNDP) ექსპერტი ადმინისტრაციულ სამართალში და ივ. ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ლექტორი. ჩატარებული აქვს ასობით ტრენინგი ადმინისტრაციულ სამართალში მოსამართლეებისთვის, პროკურორებისთვის, საჯარო მოხელეებისთვის, მოსამართლის თანაშემწეებისთვის, ადვოკატებისთვის, ჟურნალისტებისთვის და სხვ. არის ადმინისტრაციული საპროცესო კოდექსის კომენტარებისა და ადმინისტრაციული სამართლის სახელმძღვანელოს თანაავტორი.