ნინა ჭანიშვილს 1987 წელს მიენიჭა ბიოლოგიის მეცნიერებათა კანდიდატის ხარისხი ივანე ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის მიერ. 1986-1992 წლებში ის იყო ბიოტექნოლოგიისა და გენური ინჟინერიის ლაბორატორიის უფროსი მეცნიერ-თანამშრომელი, 1992-1993 წლებში – ჟენევის (შვეიცარია) უნივერსიტეტის მოლეკულური ბიოლოგიის განყოფილების პროფესორის ასისტენტი, ხოლო 1995-1996 წლებში – ოულუს უნივერსიტეტის (ფინეთი) ბიოლოგიის განყოფილების მოწვეული მკვლევარი. 2014 წელს მუშაობდა ბრაიტონის უნივერსიტეტში (ინგლისი). 2012 წლიდან დღემდე არის გ. ელიავას სახელობის ბაქტერიოფაგის, მიკრობიოლოგიისა და ვირუსოლოგიის ინსტიტუტის კვლევისა და განვითარების განყოფილების უფროსი. 1994-2005 წლებში ნინა ჭანიშვილი იყო სოროსის საერთაშორისო სამეცნიერო-საგანმანათლებლო პროგრამის (Intentional Soros Science Education Program – ISSEP) ექსპერტი.  2015 წლიდან ნინა ჭანიშვილი ჟურნალ Frontiers in Microbiology-ის სარედაქციო კოლეგიის წევრია. ის არის მრავალი საერთაშორისო და ადგილობრივი კონფერენციის მონაწილე.